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仲田 2003.08.19 Tue 12:56:38 植物の形質転換には"Agrobacterium tumefaciens"と呼ばれる細菌が用いられます。 しかしながら、現在この生物の学名に関しては大きな問題があります。 まず第一に、Agrobacterium tumefaciens は、同属の A. radiobacter と同一種であることが指摘されています。 従って、優先権を持つ A. radiobacter の学名が A. tumefaciens に代わって用いられなければなりません。 ところが、Agrobacterium 属の基準種として保存されているため、A. radiobacter が A. tumefaciens に取って代わることが出来ないとされています。 しかしながら、A. tumefaciens が Agrobacterium 属のタイプ種であるという理由のみによって、 A. radiobacter に優先することができるような条文は命名規約中には見当たりませんでした。 従って将来異なる裁定が裁定委員会によって下されない限り、 A. tumefaciens は、A. radiobacter に訂正されるべきと考えられます。 次に、Agrobacterium という属の分類学上の地位にも問題があります。 単純化して言うと、Agrobacterium 属は、植物に対して病原性を持つ種として、根粒形成を行う Rhizobium と区別されてきました。 しかしながら、病原性はプラスミドによって規定される不安定な形質であり、rRNA の系統樹を見る限り、Rhizobium 属の中から複数回進化してきた可能性があります。 その他の形質によっても Rhizobium 属と Agrobacterium は綺麗に分けらないとされたことから、 一部の分類学者が両属を統合して Rhizobium の学名を当てました。 この場合、Rhizobium radiobacter という学名が A. tumefaciens に代わることになります。 属の組み換えに関しては現在コンセンサスが得られておらず、無数の反論も寄せられているそうですが、 個人的には Agrobacterium は Rhizobium に含められるのが妥当であると思います。 この場合、従来の呼称との間で混乱が生じることが予想されるため、アグロバクテリウム（"Agrobacterium"）は一般名（common name）としてイタリック表記せず、 学名としての Rhizobium radiobacter を付記するというやり方が望ましいのではないかと思います。 その内、命名法上の問題が整理され、一つのコンセンサスに落ち着いていくとは思いますが、 アグロの学名にこれほどの問題があるというのが面白かったので紹介しました。難解ですみません。質問、反論等あったら下さい。 Reference アグロの学名の変更・レビューなどの論文 Young, J. M. et al. A revision of Rhizobium Frank 1889, with an emended description of the genus, and the inclusion of all species of Agrobacterium Conn 1942 and Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 as new combinations: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola and R. vitis. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51, 89-103 (2001). これに対する異論 Broughton, W. J. Roses by other names: taxonomy of the Rhizobiaceae. J. Bacteriol. 185, 2975-2979 (2003). 細菌命名規約（日本語訳） 国際細菌命名規約1990年版翻訳委員会 編 国際細菌命名規約（1990年改定） (菜根出版, 東京, 2000). 仲田 2003.09.19 Fri 13:15:20 Young らの論文に対する反論がまた出ました。 今度は上記論文と同じ雑誌上での論争です。 Farrand らによる反論を簡単に要約すると， Agrobacterium 属は十分多くの特長によって Rhizobium 属と区別できるため， 同属にまとめるのはおかしいとのことです。 詳細は本文を読んで欲しいのですが，正直あまりに レベルの低い反論に呆れました。 一部を引用します。 "..., given the polyphyletic nature of the family, there is no pressing need to redefine the genus status of the biovar 2 agrobacteria." （・・・，科の多系統的な性質を考えれば， アグロバクテリアの biovar 2（訳注：菌株群の名前とでも 思ってください）の属の位置を再定義する当面の必要性はない） 意訳すれば（皮肉を込めて）， 「科の分類が適当なんだから，その下の属の分類なんぞいい加減なままでいいんだよ」 となります。 科の分類の整理をやっている Young らへの反論としては， あまりにも無茶苦茶です。 このほかにも問題点は多いのですが， それについては Young らによる再反論を参照してください。 ただ，もう一つ付け加えておくと， Farrand らは論文の末尾に自分たちの意見に同調する 科学者の署名を1ページ以上にわたって掲載しています。 （日本人一人を含み，100人近くいる。数えてませんが） えー。いかに賛同者の人数が多かろうと議論の正当性はそれに左右されるはずもなく， 政治に訴えようとしたのであれば情けない限りです。 Farrand, S. K., van Berkum, P. B. & Oger, P. Agrobacterium is a definable genus of the family Rhizobiaceae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1681-1687 (2003). Young, J. M. et al. Classification and nomenclature of Agrobacterium and Rhizobium - a reply to Farrand et al. (2003). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53, 1689-1695 (2003). |